Nazwę zawdzięcza bliskiemu sąsiedztwu zbiornika wodnego, tzw. Zalewy Wielkiej, od południa broniącej dostępu do murów twierdzy. Prawdopodobnie nigdy nie był miejscem handlu. Pierwotnie był kwadratem o boku 50 m, a ul. Moranda dzieliła go na pół. Stały przy nim podcieniowe domy znakomitych mieszkańców Zamościa, m.in. sekretarza Jana Zamoyskiego. Dziś Rynek Wodny jest skwerem z fontanną, a otaczające go kamienice powstały na przełomie XIX i XX w.
Ten obiekt występuje także w trasach zwiedzania ze ścieżkami audio