To tu Jan Zamoyski i jego następcy mieszkali wraz z rodzinami. Tu zapadały najważniejsze dla miasta i ordynacji decyzje, tu przyjmowano znakomitych gości, których relacje opisują bogactwo dworu hetmana.
Budowę pałacu rozpoczęto jeszcze przed lokacją miasta. Wzniesiony został w latach 1579-1586, wg projektu Bernarda Moranda. Był znacznie mniejszy niż obecnie: jednopiętrowy, z dwuskrzydłowymi schodami prowadzącymi na pierwsze piętro. Ze schodów, jak i z dominującej nad pałacem, kwadratowej wieży rozciągał się widok na miasto. Prawdopodobnie widok ten szczególnie upodobał sobie wnuk wielkiego hetmana, III ordynat, Jan Sobiepan Zamoyski i to zwłaszcza wtedy, gdy na spacer wychodziły urokliwe mieszczki. Gdy mu się któraś bardzo podobała, to trasę spaceru wydłużała o jego komnatę sypialną. Ile w tym prawdy, nie wiadomo. Wiadomo zaś, że Sobiepan zmarł na „francuską” chorobę. Trzeba tu dodać, że to samo wielkie serce co dla pań, miał on dla miecza i ojczyzny. To jego niezłomnej postawie zawdzięczamy, że podczas potopu szwedzkiego Zamość, jako jedna z trzech twierdz Rzeczypospolitej, nie został zdobyty.
Od tamtych lat pałac był wielokrotnie przebudowywany. Najokrutniej obszedł się z nim wiek XIX, kiedy zamieniony został na szpital wojskowy.
Przed pałacem stoi pomnik Jana Zamoyskiego, założyciela Zamościa, dzieło prof. Mariana Koniecznego.
Ten obiekt występuje także w trasach zwiedzania ze ścieżkami audio